رسول بر سر جانشینی آن حضرت اختلاف افتاد تا اینکه ابوبکر در سال یازدهم هجری خلیفه شد. مدت خلافتش حدوداً دو سال و سه ماه بود.
در زمان ابوبکر اعراب بادیه نشین که در سالهای نهم و دهم هجری اسلام آوردند از اسلام برگشتند (مرتد شدند) یکی از اقدامات ابوبکر سرکوب مرتدین بود. خالدبن ولید به دستور ابوبکر به عراق حمله کرد مناطق عراق را از جنوب به شمال فتح کردند در سال سیزدهم هجری ابوبکر اولین نیروها را برای حمله به شامات فرستاد و در هنگام محاصره دمشق خبر مرگ ابوبکر رسید.
ابوبکر در آخرین لحطات عمرش عمر بن‌خطاب را به جانشینی انتخاب کرد بعضی منابع مانند طبقات کبری عمر را تند خو و بد خلق دانسته‌اند.۵۳ این خلق بد عمربن الخطاب به اندازه‌ای بود که عایشه حاضر نشد خواهر خود را به ازدواج عمر بن‌خطاب در آورد۵۴.
عمر بن‌الخطاب در مدت ده سال و اندی که خلافت کرد(۱۱ تا ۲۳ هجری) فتوحات را ادامه داد.درسال ۱۶هجری مدائن پایتخت ایرانی هابدست اعراب سقوط کرد درسال ۲۰هجری مصربه دست اعراب گشوده شد
فتح طرابلس درآفریقا نیز ازجمله فتحهای بزرگ بود.عمربن الخطاب در سن پنجاه وپنج سالگی بعداز ده سال و شش ماه خلافت درگذشت.
خلیفه عمر بن‌الخطاب دست به تشکیل شورایی شش نفره زد. که عبارت بودند از علی(علیه السلام)، عثمان بن‌عفان، عبدالرحمن بن‌عوف، طلحه بن‌عبیدالله، سعدبن ابی‌وقاص، و زبیربن العوام کسی که پسرانش بعد از واقعه عاشورا برای به دست گرفتن قدرت تلاش کردند وحتی یکی ازمخالفان سرسخت مختاربن ابی‌عبیدثقفی(منتقم خون امام حسین) شدند.
زبیرابن العوام که پسر عمه‌ی حضرت علی (علیه السلام) بود به نفع حضرت علی کنار رفت اما در نهایت عثمان بن‌عفان در آن شوری به خلافت رسید. ولی پسر زبیر به نام عبدالله بن‌الزبیر مشی و روش پدرش را در پیش نگرفت و چنانکه خواهد آمدبرای رسیدن به خلافت نه تنها حسادت به علویان داشت بلکه به آزار و تحقیر آنان پرداخت.حضرت علی درباره عبدالله بن‌الزبیر می‌فرماید:زبیر همیشه جزوه خاندان ما بود تا اینکه پسر شومش عبدالله بزرگ شد.۵۵
بعد از عمربن الخطاب، عثمان از شورای شش نفره به خلافت رسید.
عثمان که نسبتش به بنی‌امیه می‌رسیددرحاکمیت دادن به بنی‌امیه ودادن دینارها و درهمها به خویشانش کوتاهی نکرد وهمین امرسبب نارضایتی مردم شد تاسرانجام منزلش رامحاصره کرده واورابه قتل رساندند.
موضع حضرت علی(علیه السلام) در ماجرای قتل عثمان میانجیگری بود با وساطت حضرت علی(علیه السلام) شورشیان به سمت خانه‌های خود برگشتند اما زمانیکه مطلع شدند که عثمان به عهد خود وفا نمی‌کند و آنان را فریب داده است از راه برگشتند وبه خانه عثمان هجوم بردند در این زمان حضرت علی پسران خود محمدبن حنیفه، حسن و حسین را به حفاظت از خانه‌ی عثمان مأمور کرد آنان حتی در این راه زخمی شدند.
بامرگ عثمان در سال ۳۶هجری مردم به حضرت علی هجوم آوردند و با اصرار او را به خلافت انتخاب کردند. حضرت علی در مدت ۴سال و چند ماه که حکومت کردند با مشکلاتی مواجه بودند جنگ جمل به سرکردگی عایشه ۰همسر پیامبر) اتفاق افتاد این جماعت تصمیم گرفتند همسران دیگر پیامبر مثل حفصه دخترعمربن الخطاب را با خود علیه حضرت علی(علیه السلام) همراه کنند اماعبدالله بن‌عمر برادر حفصه از رفتن او جلوگیری کرد.۵۶
زبیر از جمله کسانی بود که با تحریک معاویه در این جنگ شرکت کرد(طلحه و زبیر از اولین کسانی بودندکه با علی بیعت کرده بودند و زبیردر شوری شش نفره به نفع علی کنار رفته بود.اما در این زمان علیه حضرت علی وارد جنگ می‌شود.عده‌ای از مورخان معتقدند که زبیر با وسوسه‌های عبدالله و معاویه در این جنگ شرکت کرد.)
در این جنگ عایشه اسیر شده بود و حضرت علی(علیه السلام) او را به همراه برادرش محمدبن ابی‌بکر به مدینه فرستاد۵۷ (محمد بن‌ابی‌بکر بعد از وفات پدرش ابی‌بکر به همراه مادرش اسماء بنت عمیس به خانه امام علی رفت و در دامان آن حضرت به همراه حسنین بزرگ شد) جنگ صفین به سرکردگی معاویه (پسر عموی عثمان) اتفاق افتاد و با نیرنگ عمرو عاص به نفع آنان خاتمه یافت.
غیر از جنگهایی که حضرت علی با آن مواجه شد پیدایش خوارج و انحراف فکری آنان یکی دیگر از مشکلات امام علی(علیه السلام) بود و سرانجام به دست یکی از این منحرفین(خوارج) به‌نام ابن‌ملجم مرادی در سال چهلم هجری به شهادت رسیدند.
حضرت در طول حیات زندگی خویش تعاملاتی با خلفا داشتند و در زمینه‌های گوناگونی به آنان کمک می‌رساندند. موضوعاتی همانند مشاوره اقتصادی و نظامی، همکاری علمی و قضایی، و ارائه راهنمایی‌های لازم در امور دیوانی از موارد تعامل امام علی(علیه السلام) با خلیفه اول بر شمرده شده است و در زمان خلیفه دوم افزون بر همکاری و مشورت نظامی امام علی(علیه السلام) در جسر و جنگ با رومیان و نبرد بیت المقدس و… پیروان حضرت هم در جنگ‌ها و مسایل حکومتی با خلیفه همکاری داشتند این همکاری‌ها در زمان خلیفه سوم هم ادامه داشت.
در اینجا چند نمونه از این تعاملات را بیان می‌کنیم:
۱ـ تعامل با خلیفه اول
بعد از وفات پیامبر گروه‌هایی از دانشمندان یهود و نصارا پرسش‌هایی از خلیفه مطرح کردند گروه‌هی از یهودیان به خلیفه گفتند: در تورات چنین می‌خوانیم که جانشینان پیامبر، دانشمندترین امت آنان هستند اکنون که شما خلیفه پیامبر هستید پاسخ دهید که خدا کجاست؟ در آسمان‌ها است یا در زمین؟
ابوبکر پاسخی داد که آنلان را قانع نکرد. او برای خدا مکانی در عرش قائل شد که موجب انتقاد یهودیان شد. در این لحظه حضرت علی به کمک خلیفه آمد و فرمود: مکان‌ها را خدا آفریده و او بالاتر از آن است که مکان‌ها بتوانند او را فرا گیرند او همه جا هست ولی هرگز با موجودی تماس و مجاورتی ندارد او بر همه چیز احاطه عملی دارد و چیزی از قلم و تدبیر او بیرون نیست.۵۸
۲ـ تعامل با خلیفه دوم:
همانند دوران خلیفه اول در دوران خلیفه دوم نیز حضرت گره گشا و مشاور بسیاری از معضلات نظامی، سیاسی، علمی، قضایی، اقتصادی و… بودند.
گسترش اسلام پس از پیامبر و بروز پدیده‌های جدید که حکم آنان در قرآن و روایات پیامبر وجود نداشتن. لذا حضرت علی به کمک خلفا از جمله عمر که از حل پدیده‌های تازه ناتوان بود می‌شتافت و حکم الاهی را بیان می‌کرد تا آن‌جا که شعار «لو لاعلی لهلک عمر »۵۹ شنیده شد.
تاریخ بسیاری از همراهی‌های امام علی را در این باره بیان کرده و از زبان معاویه هم آمده است که هرگاه برای عمر مشکلی پیش می‌آمد نزد علی می‌رفت.۶۰ و حضرت عالمانه پاسخ می‌داد برای مثال دو نفر از خلیفه‌ی دوم در مورد طلاق پرسیدند عمر به عقب نگریست و پرسید ای علی نظر تو در این باره چیست؟ امام علی(علیه السلام) با دو انگشت خود اشاره کرد و به این وسیله پاسخ داد آنان اعتراض کردند که ما ازتو می‌پرسیم آن‌گاه تو از دیگری می‌پرسی؟
عمرگفت: آیا پاسخ دهند هرا می‌شناسید؟ وی علی بن‌ابی‌طالب است و من از پیامبر شنیدم که ایمان علی از وزن آسمانن‌ها و زمین سنگین‌تراست.۶۱
حضرت هم‌چنین درباب میزان دریافت از بیت‌المال، مصرف جواهر کعبه، تقسیم سرزمین‌های عراق به خلیفه‌ی دوم مشاوره و راهنمایی داده است.
۳ـ تعامل باخلیفه سوم:
«امام علی و داوری‌های عثمان»
در زمان خلافت عثمان، مردی دارای دو زن یکی از انصار و دیگری از بنی‌هاشم بود از قضا آن مرد زن انصاری خود را طلاق داد و پس از مدتی درگذشت. زن انصاری نزد خلیفه آمد وگفت عده من سپری نشده است و من میراث خود رامی‌خواهم. عثمان ازحضرت علی(علیه السلام) کمک خواست و حضرت فرمود: اگر زن انصاری سوگند یاد کند که پس از درگذشت شوهرش سه بار قاعده نشده می‌تواند از شوهر خود ارث ببرد عثمان به زن هاشمیه گفت: این داوری مربوط به پسر عمت علی است و من در این باره نطری ندارم وی گفت: من به داوری امام علی(علیه السلام) راضی هستم او سوگند یاد کرد وارث برد.۶۲
«حمایت از جان عثمان»
فرستادن آب از طریق پسرانش حسن و حسین و جلوگیری از قتل خلیفه اقداماتی بود که حضرت علی در حمایت از عثمان انجام داد.
حضرت به فرزندان خود حسن و حسین دستور می‌دهد شمشیرهای خود را بردارند و بر در خانه‌ی عثمان بایستند و اجازه ندادند کسی به خلیفه دست یابند.۶۳ امام حسن در این راه مجروح و سر قنبر غلام امام علی شکست.
وساطت و میانجیگری امام علی(علیه السلام) در محاصره‌ی خانه‌ی عثمان بدان معنا نبود که اعمال خلیفه مورد و قابل دفاع برابرحضرت باشد علی(علیه السلام) می‌کوشید تا با وساطت خود از وقوع فتنه و آشوب در جامعه جلوگیری کند.
بعد از قتل عثمان حضرت بلافاصله اقدام به دفن عثمان کردند.
امام حسن (علیه السلام)
بعد از شهادت حضرت علی(علیه السلام) مردم با امام حسن بیعت کردند. عده‌ای از مورخان مغرض سعی کردند تا با جعل و ترویج اخبار پوچ شخصیت امام را خدشه دار کنند و امام حسن را فردی معرفی کنند که دائمأ در حال تزویج و طلاق بوده ۶۴ و در امر سیاست و حکومت فاقد تدبیر و درایت، و در اخبار مربوط به صلح امام حسن این گونه عنوان کردند که حضرت باچند تعهد که جنبه‌ی مالی داشته حاضرشده است از حکومت کناره بگیرد. در حالی‌که اینها تنها یک اتهام است چرا که: امام حسن بارها بر این نکته تصریح کرده است که«خلافت حق اوست و تنها از روی اجبار به معاویه واگذار می‌کند»۶۵
درباره‌ی اتهام مطلاق بودن امام حسن به طور مفصل در فصل امام حسن بحث و بررسی شده است.
درباره شهادت امام حسن (در فاصله سالهای ۴۹ تا ۵۱ هجری )۶۶گفته شده که معاویه ضمن توطئه‌ای با کمک همسر امام که دختر اشعث بن‌قیس کندی بود حضرت را به شهادت رساند.۶۷ بعدها که مدینه توسط سپاهیان شام غارت شد خانه همین زن به تاراج رفت اما به پاداش خوش خدمتی ان روز، امئالش بدو باز گردانده شد۶۸.
در سال چهل و یک هجری معاویه با توسل به زور حکومت را بدست گرفت این حکومت تا سال ۱۳۲ هجری به طول انجامید.
اگر نگاهی به دوران عصر جاهلیت داشته باشیم روشن است که بین امیه و هاشم درگیری وجود داشته است پس از مردن آنها این در گیری به فرزندان آنان منتقل گردید. در زمان پیامبر بنی‌امیه بیشترین مخالفت‌ها و دشمنی‌ها را با پیامبر کردند سر دسته مخالفان و دشمنان پیامبر ابوسفیان از بنی‌امیه بود معاویه با حکمرانی بر شام در دوران امام علی جنگ صفین و در زمان امام حسن با توسل به نیرنگ هم‌چنان بر حکومت باقی ماند با شروع خلافت عثمان، بنی‌امیه حکومت را بدست آورده بودند و بیشترین الطاف از ناحیه عثمان به سمت بنی‌امیه بود برای نمونه قبضه کردن شام توسط معاویه بود هنگامی که معاویه به خلافت رسید نزدیک بیست سال بود که بر شام سلطنت می‌کرد و مجموعا چهل سال در مقام ولایت شام و سلطنت بر کشور اسلامی با